تعیین توالی یا توالی یابی سنگر DNA
تعیین توالی یا توالی یابی سنگر DNA فرایندی برای تعیین دقیق ترتیب نوکلئوتیدها درون مولکول DNA میباشد.
توالییابی شامل هر روش یا فناوری است که ترتیب چهار باز آدنین، گوانین، سیتوزین و تیمین را در یک رشته از DNA تعیین میکند.
ظهور روشهای توالییابی سریع DNA تا حد زیادی به تحقیقات و اکتشافات در زیستشناسی و پزشکی کمک کردهاست.
دانش توالییابی DNA برای تحقیقات زیستشناسی پایه، به یک ضرورت تبدیل شدهاست و در زمینههای کاربردی متعددی مانند تشخیص پزشکی، بیوتکنولوژی، پزشکی قانونی، ویروسشناسی و زیستشناسی سیستماتیک استفاده میشود.
سرعت بالای توالییابی که از طریق تکنولوژیهای مدرن بدست آمدهاست برای تعیین توالی کامل DNA یا ژنوم گونههای مختلف جانوران همچون ژنوم انسان، بسیاری از حیوانات، گیاهان، و گونههای میکروبی مورد استفاده قرار گرفتهاست.
در اوایل دههٔ ۱۹۷۰ توالییابی DNA برای اولین بار توسط محققان دانشگاهی با استفاده از روش دشوار کروماتوگرافی دو بعدی به دست آمد. به دنبال توسعهٔ روشهای مبتنی بر فلوئورسانس روشهایی ابداع گردیده که در آنها از یک توالییاب DNA استفاده میشود، به کمک این توالییابها، توالییابی DNA آسانتر و سریعتر شدهاست.
شرکت زیست فناوری سینوهه با توجه به ارائه خدمات تعیین توالی یا توالی یابی سنگر DNA به روش سنگر از شروع فعالیت خود هم اکنون با بسیاری از مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی و آزمایشگاهی کشور همکاری دارد.
تعیین توالی در حداقل زمان و با بهترین کیفیت و مناسبترین قیمت به روش سنگر انجام میگیرد.
مبنای این تکنیک استفاده از آنالوگهای شیمیایی نوکلئوتیدی موسوم به ddNTPs یا dideoxynucleotids بود.
ddNTPها فاقد گروه OH بر روی کربن ′۳ خود برای گسترش زنجیره DNA هستند و نمیتوانند با ′۵ فسفات dNTP بعدی خود واکنش دهند. بنابراین هنگامی که در زنجیره در حال تکثیر اسید نوکلئیک قرار گیرند واکنش متوقف خواهد شد. ترکیب ddNTPهای رادیولیبل شده همراه با غلظتهای مشخص از dNTP استاندارد در واکنش سنتز DNA منجر به تولید رشتههای DNA با طولهای مختلف میشود (تولید رشتههایی که تنها در یک نوکلئوتید تفاوت طول دارند). این تکنیک نیازمند DNA تک رشتهای به عنوان الگو است که با استفاده از فاژمیدها حاصل میشود. DNA تک رشتهای به همراه سایر مواد مورد نیاز سنتز DNA به چهار لوله آزمایش که هر کدام حاوی یک نوع باز ddNTP است انتقال داده میشود. ddNTPها به طور تصادفی توسط آنزیم DNA پلیمراز به رشته در حال ساخت اضافه میشود.
نهایتاً در هر لوله آزمایش قطعاتی با طول مختلف تولید میشود. قطعات تولید شده بر روی ژل پلی آکریل آمید ران میشوند و با استفاده از اتورادیوگراف بر روی ژل ظاهر میشوند.
دقت، قدرت و سهولت در روش خاتمه زنجیره یا توالی یابی سنگر باعث شد این تکنیک برای سالهای متمادی مورد استفاده قرار گیرد. استفاده از نوکلئوتیدهای فلورسنت از جمله پیشرفتهای اخیر در این روش است که باعث میشود به جای چهار لوله آزمایش، واکنش تنها در یک لوله آزمایش انجام شود و هر یک از قطعات DNA با یک رنگ فلوسنت نشانهگذاری میشود. بنابراین هر قطعه DNA دارای اندازه و رنگ منحصر به فردی خواهد بود. همچنین استفاده از الکتروفورز لوله مویین از دیگر روشهای توسعه یافته است. دو پیشرفت مذکور به توسعه ماشینهای توالییابی خودکار کمک کرد.
Scientists have made changes to the original Sanger method. They use fluorophores. These are small chemical compounds that give off coloured light. A different coloured fluorophore is added to each nucleotide. This way, sequencing can be performed in a single reaction mixture in a capillary tube.
To identify the sequence in the tube, scientists shine a laser through it. When the light passes through each band of colour, a detector creates a peak on a graph. These peaks correspond to the nucleotide bases. By using fluorophores, scientists can automate the process of DNA sequencing. This means it can be done much more quickly.
جهت آنالیز نتایج دریافتی می بایست از برنامه کروماس استفاده کرد میتوانید از طریق لینک زیر برنامه را دانلود کرده و فایلتهای دریافتی خود را با این برنامه باز کنید.
شرکت زیست فناوری سینوهه خدمات سنتز پرایمر را با داشتن نمایندگی سیناکلون و متابیون آلمان ارائه می دهد،جهت ثبت سفارش پرایمر در منوی خدمات – سنتز پرایمر فرم مربوطه را تکمیل و ارسال کنید.